Zelfs in uitstekend onderhouden vijvers leven miljoenen micro-organismen. Door kleine verwondingen (bijv. bij het schuren tegen stenen, tijdens transport of bij het afzetten van eitjes) wordt de beschermende slijmhuid van de koi doorbroken.
Dit is de toegangspoort voor ziekteverwekkers. Een bacteriële infectie bij koi uit zich vaak door ontstoken schubben, rode plekken of diepere zweren (huidlaesies). Vaak nestelt zich op het zieke weefsel ook nog een schimmelinfectie bij koi (witachtige, watachtige plukjes). Als deze koiziekten niet onmiddellijk worden gestopt en de wond niet wordt gesloten, verspreiden ze zich snel en verzwakken ze de vis levensbedreigend.