Les antibiotiques ne constituent pas un remède définitif, car ils ne sont efficaces que durant certaines phases de la prolifération de la maladie de Lyme. Les bactéries Borrelia peuvent entrer en dormance, période durant laquelle les antibiotiques sont inefficaces. Sous l'effet des antibiotiques, elles peuvent parfois adopter des formes dépourvues de paroi cellulaire, que le système immunitaire ne reconnaît plus. De plus, les antibiotiques perturbent la flore intestinale du cheval, qui joue un rôle crucial dans ses défenses immunitaires. Ceci entraîne souvent des mycoses, des réactions allergiques et, dans de rares cas, un choc anaphylactique. Des infections qui semblaient guéries peuvent récidiver.
Les substances répulsives contre les tiques constituent un bon point de départ, mais n'offrent pas une protection totale. Il est donc important d'inspecter régulièrement les chevaux afin de détecter la présence de tiques. Utilisez uniquement des outils appropriés pour retirer les parasites. L'huile, la colle et le feu sont à proscrire. La tique doit être retirée entière, tête comprise, sans être écrasée, afin d'éviter toute infection. Une autre approche pour prévenir la maladie de Lyme consiste à renforcer le système immunitaire. Par exemple, jusqu'à 20 % des Allemands possèdent des anticorps contre la bactérie Borrelia sans jamais présenter de symptômes de la maladie. Cela signifie que même en cas d'infection par une tique, une personne infectée ne développera pas systématiquement la maladie de Lyme. Il est donc important de renforcer son système immunitaire pour prévenir cette maladie.