On néglige souvent les tronçons morts, les dérivations peu utilisées, les extrémités de tuyaux, les joints et les vannes. L'eau y stagne longtemps et un biofilm s'y forme rapidement. Si l'on ne traite que les conduites principales, ces points faibles restent actifs. Il est donc essentiel d'inclure systématiquement toutes les sections de la canalisation dans le traitement.