Même dans les bassins les mieux entretenus, vivent des millions de micro-organismes. Des lésions mineures (par exemple en se frottant contre des pierres, lors du transport ou du frai) rompent la membrane muqueuse protectrice de la carpe koï.
C'est la porte d'entrée des agents pathogènes. Une infection bactérienne chez la carpe koï se manifeste souvent par des écailles enflammées, des taches rouges ou des ulcères plus profonds (lésions cutanées). Souvent, une infection fongique (touffes blanchâtres et cotonneuses) se développe en plus sur les tissus malades. Si ces maladies de la carpe koï ne sont pas immédiatement arrêtées et la plaie refermée, elles se propagent rapidement et affaiblissent le poisson de manière mortelle.