Restauration de la flore intestinale du cheval après des antibiotiques : ce que dit la recherche

Lorsque votre cheval est malade, les antibiotiques sont souvent incontournables. Beaucoup de propriétaires se posent ensuite la question : après des antibiotiques, mon cheval a-t-il besoin d’une « restauration de la flore intestinale » ? Le terme est populaire, mais ce n’est pas un terme technique de la médecine vétérinaire. Ce qui se passe réellement est bien étudié : les antibiotiques modifient la flore intestinale, ce que l’on appelle le microbiote du gros côlon. Cet article résume ce que montre la recherche à ce sujet, les signes d’alerte à surveiller et comment nourrir judicieusement votre cheval pendant cette période.

Actualités de la recherche

La manière dont la flore intestinale se rétablit après des antibiotiques reste un sujet de recherche actif. Une étude publiée en juin 2026 par l’Equine Research Institute au Japon a donné des antibiotiques à 18 chevaux en bonne santé pendant cinq jours. Chez tous les animaux, la flore intestinale a nettement changé. Les chercheurs ont ensuite comparé la récupération naturelle avec des procédés vétérinaires. Les probiotiques n’ont montré un effet que sur des valeurs agrégées, pas à des moments précis.

Deuxième occasion : le 18 novembre a lieu chaque année la Journée européenne d’information sur les antibiotiques. L’autorité sanitaire européenne ECDC rappelle alors qu’il faut utiliser les antibiotiques avec discernement, car les résistances augmentent. Pour les propriétaires de chevaux, cela signifie : les antibiotiques ne s’obtiennent que sur prescription vétérinaire, et la durée et la dose sont fixées par le cabinet vétérinaire.

Ce que les antibiotiques changent dans l’intestin du cheval

Les chevaux digèrent le fourrage grossier grâce à des milliards de micro-organismes dans le cæcum et le gros côlon. Les bactéries qui dégradent les fibres sont particulièrement importantes. Les antibiotiques n’agissent pas seulement contre les agents pathogènes, mais aussi sur ces habitants de l’intestin. Plusieurs études l’ont mesuré :

• Changement net : chez 24 juments, trois antibiotiques courants ont nettement modifié la flore fécale pendant cinq jours. Le triméthoprime-sulfadiazine a agi le plus fortement, elle a aussi réduit la diversité des espèces bactériennes (Costa et al., 2015).
• Dégradeurs de fibres touchés : dans une étude française, les bactéries qui dégradent la cellulose ont diminué dès deux jours après la première administration (Collinet et al., 2021).
• Récupération en quelques jours à quelques semaines : selon la substance active et la mesure, la flore ressemblait de nouveau largement à l’état initial 2 à 9 jours après la fin du traitement (Collinet), respectivement après environ 25 à 30 jours (Costa, Gomez et al. 2023).
• Parfois plus longtemps : dans une étude de l’université d’Utrecht, certains groupes de bactéries étaient encore réduits après six mois, et les gènes de résistance dans les crottins étaient plus nombreux (Theelen et al., 2023).

Important pour situer les choses : les études sont petites et ont été menées avec des chevaux en bonne santé. Dans aucune de ces études sur le microbiote, un cheval n’a eu de diarrhée. Les auteurs soulignent eux-mêmes qu’un changement mesurable ne signifie pas automatiquement une maladie.

Quelle est la fréquence des diarrhées et des inflammations intestinales après des antibiotiques ?

Rare, mais grave. Dans trois cliniques de référence américaines, 32 chevaux sur 5 251 ayant reçu des antibiotiques pour d’autres maladies ont eu une diarrhée vraisemblablement due aux antibiotiques. Cela représente 0,6 %. Parmi les chevaux touchés, 18,8 % sont morts (Barr et al., 2013). Selon le MSD Veterinary Manual, une administration d’antibiotiques peut être associée à une inflammation intestinale due à des clostridies. Les signes sont une diarrhée avec ou sans sang, des coliques, de la fièvre, une prise alimentaire réduite et de l’abattement.

Les antibiotiques provoquent-ils une « acidification » de l’intestin ?

Il n’existe aucune preuve. Dans l’étude qui a mesuré le pH fécal et l’acide lactique après une administration d’antibiotiques, les deux valeurs sont restées inchangées (Collinet et al., 2021). Une acidification du gros côlon est en revanche bien décrite en cas d’excès d’amidon provenant des concentrés. L’amidon non digéré fermente rapidement dans le gros côlon, il se forme de l’acide lactique, ce qui peut contribuer aux coliques et à la fourbure. C’est précisément pourquoi une ration de concentrés mesurée et bien répartie est importante après une maladie.

Probiotiques : qu’est-ce qui est démontré ?

Les probiotiques sont souvent recommandés après des antibiotiques. Les données chez le cheval sont cependant minces. Une revue dans le Journal of Veterinary Internal Medicine qualifie de « weak », donc faible, le niveau de preuve en faveur d’un usage contre des maladies. Seuls 2 des 13 produits examinés contenaient le germe indiqué dans la quantité indiquée (Schoster et al., 2014). Chez des poulains, un probiotique n’a pas empêché la diarrhée dans une étude contrôlée, et chez des chevaux sous antibiotiques, il n’a pas arrêté la modification de la flore intestinale. Pour savoir si un probiotique est judicieux dans un cas précis, le mieux est d’en parler avec votre cabinet vétérinaire.

Conseils pour le quotidien

1. Observer chaque jour : garder à l’œil les crottins, le comportement alimentaire et l’état général pendant et après le traitement. Une diarrhée qui dure plus d’un à deux jours ou qui revient est une raison d’appeler le cabinet vétérinaire.
2. La colique est toujours une urgence : surveiller une baisse d’appétit, moins de crottins, le fait de se coucher souvent, le regard tourné vers le ventre, la transpiration, le fait de gratter le sol et de se rouler, et appeler immédiatement le vétérinaire.
3. Signaler fièvre et abattement : faire examiner immédiatement fièvre, manque d’appétit, abattement ou diarrhée sanglante pendant ou après une administration d’antibiotiques.
4. Le fourrage grossier comme base : chaque jour au moins 1,5 à 2 % du poids corporel en fourrage grossier (matière sèche). Selon les lignes directrices du ministère fédéral allemand de l’Agriculture, proposer un fourrage riche en fibres brutes au moins douze heures par jour, avec des pauses alimentaires si possible ne dépassant pas quatre heures.
5. Pas de changements d’alimentation brusques : répartir les transitions de foin, de pâture ou de concentrés sur environ 10 à 14 jours.
6. Limiter les concentrés : répartir les quantités plus importantes sur au moins trois rations par jour, pour que l’amidon n’arrive pas non digéré dans le gros côlon.
7. De l’eau toujours disponible : contrôler les abreuvoirs chaque jour et les garder propres.
8. Hygiène en cas de diarrhée : les diarrhées infectieuses peuvent contaminer d’autres chevaux. Rester prudent jusqu’à l’examen vétérinaire et maintenir une bonne hygiène de l’écurie.
9. Ne pas modifier les médicaments de sa propre initiative : la durée et la dose des antibiotiques sont fixées par le cabinet vétérinaire.

Questions fréquentes

Combien de temps la flore intestinale du cheval met-elle à se rétablir après des antibiotiques ?

Cela dépend de la substance active. Dans des études avec des chevaux en bonne santé, la flore ressemblait de nouveau largement à l’état initial dans un délai de 2 à 9 jours, voire d’environ 25 à 30 jours après la fin du traitement. Certains changements étaient encore mesurables après six mois dans une étude.

Tous les chevaux ont-ils la diarrhée après des antibiotiques ?

Non. Dans trois cliniques, cela concernait 0,6 % des chevaux ayant reçu des antibiotiques. Lorsque cela arrive, l’évolution peut cependant être grave. Une diarrhée pendant ou après une administration d’antibiotiques doit donc toujours être examinée par un vétérinaire.

Dois-je donner des probiotiques à mon cheval après des antibiotiques ?

Le niveau de preuve en faveur des probiotiques chez le cheval est faible, et la qualité des produits varie. Pour savoir si c’est judicieux dans un cas précis, clarifiez-le avec votre cabinet vétérinaire.

Que doit manger mon cheval après un traitement antibiotique ?

Comme toujours, du bon fourrage grossier comme base, pas de changements d’alimentation brusques, peu de concentrés bien répartis et de l’eau fraîche en permanence.

Quand le vétérinaire doit-il venir immédiatement ?

En cas de colique, quelle qu’elle soit, ainsi qu’en cas de diarrhée forte, sanglante ou persistante, de fièvre, de manque d’appétit ou d’abattement.

Conclusion

Les antibiotiques modifient nettement la flore intestinale du cheval, mais elle se rétablit le plus souvent en quelques jours à quelques semaines. Une « restauration de la flore intestinale » au sens d’un programme fixe n’est pas démontrée scientifiquement, pas plus qu’une acidification de l’intestin par les antibiotiques. Ce qui compte de manière avérée : observer attentivement, appeler immédiatement le cabinet vétérinaire en cas de signes d’alerte et nourrir systématiquement de façon adaptée au cheval, avec beaucoup de fourrage grossier et sans changements brusques.

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Sources :

• Costa M. C. et al. (2015) : Changes in the equine fecal microbiota associated with the use of systemic antimicrobial drugs. BMC Veterinary Research
• Collinet A. et al. (2021) : Effects of an Antibiotic–Probiotic Combination on the Equine Hindgut Ecosystem. Frontiers in Microbiology
• Gomez D. et al. (2023) : Longitudinal effects of oral administration of antimicrobial drugs on fecal microbiota of horses. Journal of Veterinary Internal Medicine
• Theelen M. J. P. et al. (2023) : Short- and long-term effects of hospitalisation and trimethoprim-sulfadiazine on the equine faecal microbiome. Microbiome
• Barr B. S. et al. (2013) : Antimicrobial-associated diarrhoea in three equine referral practices. Equine Veterinary Journal
• Schoster A. et al. (2014) : Probiotic Use in Horses – What is the Evidence for Their Clinical Efficacy? Journal of Veterinary Internal Medicine
• MSD Veterinary Manual : Clostridial Enterocolitis in Horses
• MSD Veterinary Manual : Nutritional Requirements of Horses
• BMLEH : lignes directrices pour l’évaluation de la détention des chevaux sous l’angle de la protection animale (version 2009)
• Universitäres Tierspital Zürich : examen de colique (Kolikuntersuchung)

Image de couverture : graphisme AnoKath, photo : Markus Kammermann sur Unsplash (licence Unsplash).